Scienza si scrive con la i, così come tutti i suoi derivati: scientifico, scienziato, scientificamente, fantascienza, onniscienza, scientismo, sciente, scientemente, coscienzioso, incosciente, cosciente… e così via.
In generale, però, l’italiano contemporaneo prevede che il gruppo di lettere -sce- non voglia mai una i tra la c e la e. Lo si vede chiaramente in parole come ascesa, fuscello, scettro e moltissime altre. Perché scienza fa eccezione?
Per capirlo è necessario rifarsi all’etimologia del termine. Il vocabolo latino scientia, scientiae derivava dal verbo scio, scire, che significava sapere. E infatti la scienza è tuttoggi, secondo la Treccani, "l’insieme delle conoscenze", ossia delle cose che si sanno. In questo come in molti altri casi della lingua italiana la grafia usata al tempo dei Romani è sopravvissuta fino a noi e continua ad essere valida.
Succede esattamente ciò che vediamo nel termine coscienza, derivato dal vocabolo tardo-latino cognoscèntiam, a suo volta discendente dal verbo cognoscere. Di qui possiamo concludere che la i apparentemente superflua interposta tra il gruppo consonantico -sc- e la vocale e è un residuo ereditato dalla lingua dei nostri antenati.