Appartenente a un'importante famiglia aristocratica romana, diventa arcidiacono della Chiesa romana. Organizza una ricca biblioteca di opere dei santi padri latini e greci nella propria abitazione. Il suo intento è quello di fondare a Roma una scuola superiore di studi cristiani sul modello delle scuole religiose di Alessandria d'Egitto e Nisibis in Siria. Ma per motivi bellici non riuscirà a realizzare il suo disegno culturale. Diviene papa e muore il 22 aprile 536. E' consacrato il 13 maggio 535 e il primo atto pubblico del suo pontificato è la solenne presa di posizione a sostegno della tradizione canonica della libertà delle elezioni episcopali. Opera attivamente per affermare il primato giurisdizionale della sede di S. Pietro. Agli inizi del 536 il re goto Teodato intima ad Agapito di recarsi da Giustiniano nel tentativo di dissuaderlo dai propositi di conquista dell'Italia. E' accolto a Bisanzio con molti onori e, sebbene non riesce a far abbandonare all'imperatore i disegni di guerra in Italia, assume un ruolo di primo piano negli affari ecclesiastici della città. Nello stesso anno si ammala e muore. Ha funerali solenni a Bisanzio e viene trasportato a Roma in una cassa plumbea e sepolto in S. Pietro il 20 settembre.
Altri santi: S. Andrea Kim, Paolo Chong e compagni, S. Fausta, S. Candida, S. Giancarlo
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